Das Human Proteome Project (HPP) ist ein internationales Projekt, das von der Human Proteome Organization (HUPO) initiiert wurde. Durch das Aufkommen neuer Techniken wie Massenspektrometrie und Elektrospray-Ionisation kann das Proteom des Menschen bestimmt werden, um das Verständnis der Biologie auf zellulärer Ebene zu verbessern. Das chromosomenbasierte HPP zielt darauf ab, unser Verständnis des menschlichen Proteoms zu entwickeln, wobei der Schwerpunkt auf der Erweiterung des Verständnisses jedes einzelnen Gens auf jedem Chromosom liegt. Das auf Biologie/Krankheit basierende HPP zielt darauf ab, unser Verständnis des menschlichen Proteoms zu erweitern, wobei der Schwerpunkt auf wichtigen Aspekten der Biologieforschung und der laufenden krankheitsorientierten Forschung liegt. Das Humangenomprojekt führte zu der Erkenntnis, dass es weitaus weniger proteinkodierende Gene gibt als die Proteine, die beim Menschen vorkommen. Diese Vielfalt im Protein ist auf alternatives Spleißen und die posttranslationalen Modifikationen der Proteine zurückzuführen. Somit sind die Proteine sehr gute Biomarker für verschiedene Krankheiten.
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