Molekulare Modellierung umfasst alle hypothetischen und rechnerischen Strategien, die zur Modellierung oder Nachahmung der Moleküle verwendet werden. Die Techniken werden in den Bereichen Computerwissenschaften, Arzneimitteldesign, Computerchemie und Materialwissenschaften eingesetzt, um über subatomare Gerüste nachzudenken, die von kleinen Mischgerüsten bis hin zu riesigen natürlichen Partikeln und Materialgruppen reichen. Das regelmäßige Element subatomarer Demonstrationsstrategien ist die Darstellung der subatomaren Strukturen auf atomarer Ebene. Molekulare Modellierung findet eine wichtige Anwendung bei der Entwicklung neuer wirksamer Medikamente zur Bekämpfung von Krankheiten.