Genomische Prägung, bei der die Gene eines Elternteils andere Expressionseigenschaften als die des anderen Elternteils haben, kommt bei Pflanzen vor. Aufgrund der Bedeutung von Hybriden für die Pflanzenentwicklung und Pflanzenzüchtung hat dies möglicherweise erhebliche Konsequenzen und stellt einen Mechanismus bereit, der genetische Variationen über viele Generationen hinweg verbergen kann. Die Untersuchung der Kernorganisation zeigt, dass die Chromosomen- und Genomposition mit der Prägung in F1-Hybriden zusammenhängt, wobei periphere Genome tendenziell bevorzugt exprimiert werden. Bei einigen polyploiden Inzuchthybriden, wie etwa Triticale (ein Weizen-Roggen-Hybrid), setzt die Behandlung mit dem Demethylierungsmittel Azacytidin verborgene Variationen frei, die möglicherweise aufgrund von Prägungsphänomenen verloren gegangen sind.