Eine cDNA-Bibliothek ist eine Kombination geklonter cDNA-Fragmente, die in eine Sammlung von Wirtszellen eingefügt werden und zusammen einen Teil des Transkriptoms des Organismus bilden. cDNA wird aus vollständig transkribierter mRNA hergestellt, die sich im Zellkern befindet. Die Informationen in cDNA-Bibliotheken sind ein leistungsstarkes und nützliches Werkzeug, da Genprodukte leicht identifiziert werden können, den Bibliotheken jedoch Informationen über Enhancer, Introns und andere regulatorische Elemente fehlen, die in einer genomischen DNA-Bibliothek vorkommen.