Die Zeitschrift für Mikrobiologie und Immunologie folgt dem doppelblinden Peer-Review-Verfahren. Jedes eingereichte Manuskript wird einer vorläufigen Qualitätskontrolle durch die Redaktion unterzogen, gefolgt von einem externen Peer-Review-Verfahren. Normalerweise ist die vorläufige Qualitätskontrolle innerhalb von sieben Tagen abgeschlossen und bezieht sich hauptsächlich auf die Formatierung der Zeitschrift, die englischen Standards und die Relevanz des Artikels für den Umfang der Zeitschrift.